一般都以经处理的自来水饲养水族。淡水缸中，需要加入水质稳定剂或是曝气以去除水中的氯及氯胺，使水适合水族使用。汽水或是海水，可直接以天然海水为水源，或是以粗盐或是海水素调制，调制时往往需要以比重计辅助以确保所需的浓度。较有经验的水族人士亦会调整水的ph值、硬度或溶解有机物及气体含量。公开展示的大型水族箱，因其耗水量较大，则需设置于接近天然水源，以满足大量用水的需求，使用前亦无经过太多的处理程序。
另外，切忌不要轻意给鱼缸加杀菌水。很多鱼友朋友都说用杀菌水对预防鱼儿出问题比较有效，的确一开始是不错的，可是如果鱼儿真的难受了很多都免疫了，到时可就麻烦了。一个真正生态水族箱需要是的自身硝化细菌来维持和平衡生态，随意往鱼缸加入杀菌水等物会破坏鱼缸的生态系统。
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