很多代理记账公司的会计人员并不清楚被代理企业的日常经营状况，只是根据企业提供的一些资料入账，有时还故意作假使账实不符。比如有的商品已售出，未作销售，从而有账无物，或无账无物；有的商品售出，因原材料fa票未到，也未作估价入账，进而多转、少转或不转销售成本，账面价值严重偏离实际价值；存货不及时定期盘点，存货的丢失、亏损和盈溢不作账务处理等，造成数量不实。
甚至还有许多代理记账公司的会计人员为了满足企业偷逃税款的要求，在账务处理时，对该作收入的不及时作收入，货款在预收账款、其他应付款科目中挂账，以收据在往来账户中结转，不交税收、不作利润。第二，在报税方面的不利因素。税务系统报税时间集中，要求代理记账公司账务处理也要集中，使得代理记账的业务难以扩大。
专业代理记账是以公司形式出现的，要发生相关费用，还要缴纳营业税等。低价竞争使专业代理公司很难产生企业利润，也势必会影响服务的质量。另一方面代理记账行业收入并不高，这也会导致人员流动过于频繁，这些都很大程度上阻碍了专业代理公司的进一步推广，不利于代理记账公司的长远稳定发展。
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